微生物除臭劑烴類的降解途徑根據同類的化學結構特點，主要可分為兩部分：脂肪烴的降解途徑和芳香烴的降解途徑。無論是脂肪烴降解途徑還是芳香烴降解途徑，均通過微生物所生成的脫氫酶或是加氧酶以實現對烴類物質降解的快速催化。如能催化正烷烴為正烷烴的氫過氧化物的正烷烴氧化酶。2.4 含氧有機物惡臭氣體的去除含氧有機物惡臭氣體，如醛類、酚類化合物均易溶于水，而微生物對該類惡臭氣體物質的去除原理與烴類惡臭氣體物質的去除原理相似，均主要通過微生物生成的相關酶的催化降解作用。能夠降解酚類化合物的微生物有Rhizobium（根瘤菌）、Fusarium（鐮刀菌）、Candida（假絲酵母）等，常見的酚類污染物主要是苯酚、雙酚A、壬基酚以及五氯酚。微生物通過加氧酶或脫氫酶，催化具有還原性的酚類污染物分解成CH4、CO2等無害終產物。如：苯酚首先經苯酚羥化酶降解為鄰苯二酚，其后在鄰苯二酚2,3—雙加氧酶或1,2—雙加氧酶作用下，經環裂解，形成三羧酸循環中間物。能夠降解甲醛的微生物有Pseudomonas putida（惡臭假單胞菌）、P. Aeruginosa（銅綠假單胞菌）等。催化甲醛降解的關鍵酶是甲醛脫氫酶，其在谷胱甘肽以及NAD＋的輔助下，把進入細胞內的甲醛氧化為甲酸，其后甲酸在甲酸脫氫酶的作用下轉化為CO2，由此實現對甲醛的去除。