玻璃鋼化糞池的使用管理，其主要的環節是根據設計要求的清掏周期定期清掏污泥，以保證化糞池的正常使用。化糞池的清掏周期與糞便污水溫度、氣溫、建筑物性質及排水水質、水量有關。設計清掏周期過短，則化糞池糞液濃度過高，與實際清掏周期差距過大，影響正常發酵和污水處理效果，甚至造成糞液漫溢，影響環境衛生。設計清掏周期過長，則化糞池容積過大，增加造價。GBJ 15-88 建筑給水排水設計規范( 以下簡稱《規范》) 要求清掏周期為3個月 ～ 12 個月，實際設計中多取 3 個月 ～ 9 個月，而酸性發酵階段的酸性發酵期為 3 個月，酸性減退期為 5 個月左右。實踐證明: 清掏周期的取定，應兼顧污水處理效果、建設造價、管理三個方面因素，清掏周期一般不宜少于 12 個月。

建議化糞池每年至少清理一次。清理后，目視井內無積物浮于上面，出入口暢通，保持污水不溢出地面。在化糞池井蓋打開后10～15秒，人不站在池邊，禁止在池邊點火或吸煙，以防沼氣著火燒傷人。清理人員不要隨便下池，防止人員中毒或陷入水中。化糞池井蓋打開后工作員不能離開現場，清潔完畢后，隨手蓋好井蓋，以防行人掉入井內發生意外。 玻璃鋼化糞池大部系由熱固性樹脂制成的，不能象金屬或熱塑性樹脂那樣，用板材、管材等簡單的型材再加工成各種形狀的制品，玻璃鋼大部分都直接制成所需的制品。因此，玻璃鋼性能在多數情況下是指玻璃鋼制品的性能一個制品性能的好壞，不僅決定于所用材料的性能，也與產品設計有密切關系因此，玻璃鋼制品質量的好壞，還包含著產品設計是否合理的問題。